Eesti Keskerakonna juhatus juhib erakonna tegevust, lähtudes erakonna programmist, ning kongressil ja Volikogus kinnitatud tegevussuundadest. Erakonna juhatusse kuuluvad: kongressil valitud esimees; neliteist kongressil valitud juhatuse liiget; erakonna volikogu esimees; Riigikogu Keskerakonna fraktsiooni esimees; erakonna noortekogu esimees.
Erakonna juhatuse korralised koosolekud toimuvad vähemalt kord kuus. Erakonna juhatuse tööd juhib erakonna esimees.